Das Maximilian-Kolbe-Werk wird für seine Arbeit immer wieder ausgezeichnet. In den letzten Jahren erhielt das Werk die Preise:

2017   Saarländischer Weiterbildungspreis, Saarbrücken

2014   Deutscher Engagementpreis vom Bündnis für Gemeinnützigkeit, Berlin

2014   Helga-und-Werner-Sprenger-Friedenspreis 2014 der INTA-Stiftung, Freiburg

2014   Aggiornamento-Preis der Deutschen Katholikentage, Regensburg 

2013   Wirkt-Siegel der PHINEO-Stiftung, Berlin

2010   Anton-Roesen-Preis des Diözesanrats der Katholiken im Erzbistum, Köln

2009   Aktiv für Demokratie und Toleranz des Bündnisses für Demokratie und Toleranz, Berlin

2008   Demokratie-Preis der SPD-Fraktion im Sächsischen Landtag

2008   Eugen-Kogon-Preis der Stadt Königsstein im Taunus

2007   Gegen Vergessen - Für Demokratie des Vereins "Gegen Vergessen - Für Demokratie"

2004   Marion Dönhoff-Preis der Marion-Dönhoff-Stiftung und "Die Zeit"

2001   Edith Stein-Preis des Göttinger Edith-Stein-Vereins

2000   Deutsch-Polnischer Preis der Bundesrepublik Deutschland und der Republik Polen